Naturreservatet Bästeträsk är ett av Gotlands största naturreservat och omfattar dels den 665 hektar stora sjön Bästeträsk (Gotlands största sjö!), dels drygt 800 hektar av omgivande skog, myrar, alvarmarker och klapperstensstränder. I den sydvästligaste delen av reservatet finns även ett mindre område med lövskog och ängsmark - Hässleänget.

Sin storlek till trots är Bästeträsk förhållandevis grund: Största djupet är bara ca 4,5 m, och större delen av sjön är avsevärt grundare.
Sjöns botten utgörs delvis av stenig hårdbotten (främst de grundare delarna av sjön), delvis av sedimentbotten. Sedimentlagrens mäktighet uppgår som mest till ca 1,5 m.
Sjön saknar i stor utsträckning högre vattenvegetation, men bestånd av vass och ag förekommer dels i sjöns sydvästra del, dels norr om Stor- och Lillholmen. Stora delar av sjöns centrala delar har en bottenvegetation av kransalger.
Av fisk förekommer gädda, sik (enda sötvattenslevande beståndet på Gotland), mört, sarv, sutare, stensimpa (enda förekomsten på Gotland) och abborre. Kräftor planterades in på 1920-talet och finns i dag rikligt i sjön.
Nästan hela sjön omges av en s.k. strandbarrikad bestående av en isförskjuten, 0,5-1 m hög strandvall av delvis blockrikt grus.
I den centrala delen av sjön ligger öarna Storholmen och Lillholmen, som både till stor del är klädda med lågvuxen tallskog. På de två öarna häckar bl.a. flera hundra par ejder.